Juana la loca fue formada por Rodrigo MartÃn en 1988, luego de que Rodrigo regresara de un largo viaje por Tierra del Fuego durante el cual compuso la mayorÃa de los temas que formarÃan parte del primer disco de la banda. A su regreso a Buenos Aires convocó a Roberto Pasquale (compañero de secundaria) y junto a Aitor Graña y Gabo ---- proveniente de Los Brujos da forma a la primera formación
En 1991, tras autoproclamarse "el primer grupo sónico de la Argentina" editaron a través del sello independiente de Daniel Melero un casete titulado "Autoejecución".
Soda Stereo los invitó para telonearlos en la presentación del disco Dynamo, en diciembre de 1992. A mediados del 1993 participaron de la primera edición del festival Nuevo Rock Argentino en Córdoba.
A finales de ese año, entraron a estudios para grabar el primer álbum, producido por Melero ya con Gaston Capurro en el bajo. Con el lanzamiento de "Electronauta", Juana la loca comenzó una larga serie de presentaciones como la Gira CanÃbal junto a Los Brujos, que los llevó por doce ciudades del interior del paÃs y tambien en el mitico lugar de Santiago de Chile "La Batuta".
En abril de 1994 tienen la oportunidad de tocar para casi 15.000 personas al presentarse como teloneros de Depeche Mode, en el estadio de Velez Sarsfield.
La segunda placa, "Revolución" (1995) producido por Rodrigo Martin, fue presentada en una gira por el interior y por paÃses limÃtrofes, entre las cuales se destacan las fechas en la discoteca Aloha de Mendoza y en Santiago de Chile. Participaron del disco "Fuck you", homenaje a Sumo, con el tema "No duermas más".
El tercer disco, "Vida modelo" (1997) fue grabado en California, junto a músicos de la talla de Billy Preston (teclista de Los Beatles en "Let It Be"). Este disco llevó a la banda a un lugar más popular, se presentó en el teatro Astros, y realizó una gira junto a Babasónicos que comprendio un total de 12 fechas desde Buenos Aires hasta Rio Gallegos.
En 1998, la banda realiza más de 60 shows en los cuales dos son como teloneros de Oasis en el Luna Park ante la presencia de más de 10.000 personas.
Gastón Capurro, Christian Lantes, Eugenio Parracia y Martin Bosa comunicaron "la disolución de la banda", en plena presentación de "Planeta" (1999). «Esta separación es la consecuencia de las diferencias de criterios y objetivos a nivel personal y artÃstico entre la banda y Rodrigo MartÃn». El propio Rodrigo MartÃn contestó con otro comunicado: «Juana La Loca no ha dejado de existir. Estos conciertos han marcado el fin de una etapa, pero también el comienzo de otra que contempla una nueva formación, debido a diferencias irreconciliables de Ãndole artÃstico personales con los demás integrantes. He tomado esta decisión con el derecho moral que me brinda ser el fundador de Juana La Loca en el año 1988, único miembro original, compositor y letrista».
MartÃn convocó a su viejo amigo Gabriel Guerrisi (lÃder y fundador de Los Brujos, por ese entonces ya disueltos) quien habÃa colaborado anteriormente como invitado de la banda en vivo y también en estudio. Juntos compusieron los temas que darÃan forma a "Vermouth", un EP independiente (1999).
Ya para el sello Por Art Music, Juana edita otro EP, bautizado "Alucinaciones", a mitad de camino de "Belleza", el primer disco completo luego de cuatro años, con MartÃn, Guerrisi, el baterista Aitor Graña, Diego Panich en bajo y Julián Gómez en guitarra.
Con el regreso de Roberto Pasquale y la incorporación de Diego Chamorro en baterÃa y Pablo Galetto en bajo, Juana la Loca editó "Casablanca" en el 2005. La grabación se realizó en una casa alquilada en Temperley, en "ambientes no controlados" y consiguiendo asi sonidos unicos "teniamos toda la casa microfoneada permanentemente" "cantamos adentro de la chimenea, utilizando las camaras naturales e ladrillos refractarios, grabamos baterÃas en la vereda y guitarras que sonaban en varios equipos a la vez conectados en distintos lugares de la casa, tomadas todas al mismo tiempo y de esta manera conseguimos cámaras especiales, con los vecinos de público. Después todo eso lo retocamos en la computadora y ese es el resultado.