Ha colaborado con artistas que han requerido de él, como Chick Corea Elektric Band o Joe Zawinul, Jean-Luc Ponty y Jeff Berlin, entre muchos otros. Fue el líder y co-compositor junto a Gary Willis, de la banda de fusión Tribal Tech (1985 - 2001), por muchos considerada la natural sucesora de Weather Report, con la cual desde sus inicios exploraron muchas sonoridades, estilos e improvisación de alto riesgo, nunca cediendo a la presión comercial de la época (80´s,) donde otros exponentes se acercaron al smooth jazz, corriente que según las propias palabras de Henderson: "Es "jazz" para la gente que no le gusta realmente el jazz". Siempre fiel a sus principios, no sucumbió a las tentaciones de hacer algo más fácil y comercial y siguió siempre explorando, manteniendo vivo el espíritu del jazz y llevando a la fusión siempre un paso más allá.

Tiene su banda solista de blues, llamada "Scott Henderson Blues Band" con la cual ha editado tres discos desde el 94 y un disco doble en vivo el 2005. Junto con el bajista Victor Wooten y el baterista Steve Smith formaron "Vital Tech Tones", la cual saco 2 discos.

Ha editado dos videos: el primero, "Fusion Improvisation", está más destinado a la técnica, la creación de escalas, modos y otros conceptos sobre ellas. El segundo, "Melodic Phrasing", está destinado al fraseo y a "como pensar la música más inteligentemente".

También ha publicado un libro sobre acordes, donde según el "muestra la importancia de los acordes a los guitarristas" y, por medio de un sistema de colores, se pueden encontrar los tipos de acordes y su tónica.

Actualmente tiene sus "Open Councelings" en el MI (Musician´s Institute) de Los Angeles, California.